目前學(xué)校理工醫(yī)科有數(shù)學(xué)科學(xué)學(xué)院,、物理學(xué)系,、化學(xué)系、高分子科學(xué)系,、環(huán)境科學(xué)與工程系,、信息科學(xué)與工程學(xué)院,、計算機科學(xué)技術(shù)學(xué)院、軟件學(xué)院,、微電子學(xué)院,、材料科學(xué)系、航空航天系,、生命科學(xué)學(xué)院,、大數(shù)據(jù)學(xué)院、大氣與海洋科學(xué)系/大氣科學(xué)研究院,、類腦智能科學(xué)與技術(shù)研究院,、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院、藥學(xué)院,、公共衛(wèi)生學(xué)院,、護理學(xué)院、放射醫(yī)學(xué)研究所,、現(xiàn)代物理研究所/核科學(xué)與技術(shù)系,、神經(jīng)生物研究所、發(fā)育生物研究所,、先進(jìn)材料實驗室,、生物醫(yī)學(xué)研究院、腦科學(xué)研究院,、人類表型組研究院等27個院系（所）,。
學(xué)校現(xiàn)有國家平臺基地9個,，包括國家重點實驗室5個,，國家臨床醫(yī)學(xué)研究中心2個，國家制造業(yè)創(chuàng)新中心1個,，以及上海數(shù)學(xué)中心?，F(xiàn)有各類省部級平臺基地80個，包括科技部新農(nóng)村研究院1個,，教育部前沿科學(xué)中心1個,，教育部重點實驗室13個，教育部工程技術(shù)研究中心7個,，教育部國際合作聯(lián)合實驗室1個,，科技部國家國際科技合作基地5個，國家外專局學(xué)科創(chuàng)新引智基地8個,，衛(wèi)健委重點實驗室9個,，總后衛(wèi)生部重點實驗室1個，國家林業(yè)局野外臺站1個，上海市重點實驗室15個,，上海市工程中心11個,，省部共建協(xié)同創(chuàng)新中心1個，上海市協(xié)同創(chuàng)新中心2個,，上海市研發(fā)公共服務(wù)平臺專業(yè)技術(shù)服務(wù)平臺4個,。
近年來，學(xué)?？萍脊ぷ魇冀K堅持圍繞服務(wù)國家戰(zhàn)略和社會需求,，承接國家和上海市重大科研項目，科研項目和經(jīng)費規(guī)模穩(wěn)步增長,，科研能力逐步提升,。從2016年到2018年，理科科技到款經(jīng)費總計68.85億元,，獲批牽頭承擔(dān)國家重點研發(fā)計劃66項，承擔(dān)國家自然科學(xué)基金2013項,，新建校企聯(lián)合實驗室7家,，獲得國家獎項目獎3項、中華人民共和國國際科學(xué)技術(shù)合作獎1項,、省部級一等獎18項,、省部級人才獎3項，獲得專利授權(quán)1049項,。
新形勢下,，學(xué)校利用學(xué)科優(yōu)勢，提升社會服務(wù)能力,，與地方政府共建張江研究院,、無錫研究院和寧波研究院，與26個省市及地方政府簽署科技合作協(xié)議,；同時,，通過創(chuàng)新轉(zhuǎn)化機制，走出了一條具有復(fù)旦特色的成果轉(zhuǎn)化之路,，2016年學(xué)校簽訂的專利許可/轉(zhuǎn)讓合同金額超過5億元,。
復(fù)旦大學(xué)科學(xué)技術(shù)研究院負(fù)責(zé)統(tǒng)籌管理學(xué)校理工醫(yī)科科研。
